Im Jahre 1900 wurde im ehemals rein katholischen Hofheim mit der Johanneskirche die erste evangelische Kirche erbaut. Durch die Erschließung des Gebietes zwischen der Bahn und dem Dorf Marxheim entstand um 1960 eine neue Gemeinde. 1961 wurde die Thomasgemeinde gegründet, die ersten Gottesdienste fanden noch in den Marxheimer Schulen statt, erst in der Volksschule, dann im damaligen Gymnasium am Rosenberg.
1962 wurde das Gemeindehaus errichtet, am 9. Mai 1965 erlebte die Kirche ihre Einweihung.
Bis heute genießen wir die damalige Konzeption: Kirche, Gemeindehaus, Kindergarten, Pfarrhaus und Wohnungen für Mitarbeiter gruppieren sich um den Kirchplatz, der von einer großzügigen Außenanlage umgeben ist. 1997 wurde der Kindergarten gründlich renoviert und erweitert. Inzwischen hat die Gemeinde ca. 3450 Mitglieder.